A Escola Secundária João de Deus pertence ao conjunto escolar inaugurado em 1948 e inserido no segundo período das construções escolares, construídas pelo Ministério das Obras Públicas e destinado ao ensino liceal e/ou técnico.

A intervenção levada a cabo pela Construção Pública, com projeto de João Paciência, procurou manter a estrutura espacial e formal do edificado existente, bem como as suas características arquitetónicas, no respeito pelo legado e pela memória.

Adaptou-se o edifício existente, clarificando-se percursos e zonas de estadia para alunos e professores e conquistando novas áreas para os espaços de refeição e lazer/estudo. Além disso, foi criado um novo espaço de reuniões em anfiteatro, substituindo o pequeno auditório preexistente. Foi também criado um novo volume com uma imagem mais contemporânea, conseguindo-se, assim, reunir num único edifício os novos espaços de laboratório, biblioteca e salas de estudo.

Foi ainda construído um novo espaço coberto para a prática desportiva e os arranjos exteriores foram redesenhados, aumentando a área de espaços verdes.

A obra ficou concluída em 2015, ano a partir do qual a Construção Pública passou a gerir a conservação e manutenção da escola.